Pessoal,
Estou passando para contar a experiência..rs
O que foi feito por enquanto:
1 - Paralelismo. Na transação swf_inb_conf, aumentei de 1 para 5 em cada um dos processos, inclusive CTe.
2- Priorização de filas: Na transação sxmb_adm, criei um filtro com baixa prioridade para as filas de B2B (não estou certa de que fiz corretamente, fiz apenas no client do PI. Precisa fazer no client do GRC?) O filtro considera a interface de outbound.. e setei baixa prioridade para as filas XBT9.
3- Limpeza da tabela /XNFE/BATCUS (somente 1 linha).
4- Reschedulei o job /XNFE/PROCESS_REPORTS sem ack
5- Schedulei o job /XNFE/GET_ACKNOWLEDGMENT
Com isso, enviamos 9 batches de nota ao mesmo tempo + 2k de emails ao mesmo tempo também.
Tudo isso foi processado em 10 minutos. As notas foram aprovadas bem antes de as filas no GRC acabarem...
Acho que funcionou.
Imagino que tenha mais coisas a serem feitas.. mas este foi o cenário que tivemos da outra vez em produção. E nossa máquina em dev é pior que a de produção.
Quando tivemos o problema, estes 2 mil emails + algumas notas, levaram algo como 4 horas para serem processados, hoje, o mesmo cenário, em 10 minutos com algumas pequenas mudanças! 
Obrigada a todos!!
Abraços
Luciana